在商业合同中，补充协议通常是为了满足双方在原合同中未涉及的某些需求或调整合同约定而签署的。当然，如何处理补充协议的问题，需要先回答两个问题：补充协议是否有效？原合同与补充协议是否相冲突？
首先，补充协议是否有效取决于它是否合合同法规定的相关规定。根据中国合同法规定，补充协议是指对已经签订的合同中未规定的事或约定不明确的事进行的书面协议。补充协议并非单独一个合同，而是对原本已经存在的合同进行的补充和修改。因此，补充协议的效力是以原合同为前提的。只有在原合同有效的情况下，补充协议才能生效。
其次，原合同与补充协议是否相冲突需要仔细审查协议条款。如果补充协议与原合同的具体约定存在矛盾、不一致或互相排斥的情况，那么就存在相冲突的问题。如果不相冲突则补充协议应该被认为是有效的，并且可以无需修改地执行。
假如补充协议与原合同中的条款存在不一致，并且可以导致补充协议的失效，法律规定有以下三种处理补充协议的方式。
之一种方式是：认为补充协议无效。如果一个合同中已经有约定，而补充协议的内容与合同的约定要求矛盾，且后来签署的补充协议不是提高前一协议的效力，那么补充协议可以被认定为无效。
第二种方式是：以原合同合理解释为前提，对补充协议加以合理解释。在保持合同效力的前提下，可以将补充协议的内容作为具体的条款内容来理解，以此实现补充协议的有效性。
第三种方式是：重新协商，修订补充协议内容。在补充协议的内容与原合同的约定发生争议或相冲突时，可以重新协商达成一致，对补充协议进行修改。
综上所述，补充协议的有效性是建立在原合同的基础上的，只有在原合同有效的情况下，补充协议才有可能被认定为有效。同时，补充协议与原合同的相冲突会导致补充协议的效力受到影响。如果出现这种情况，可以选择认为补充协议无效、以原合同为前提进行合理解释或重新协商。综合起来，需要根据实际情况具体分析，选择合适的解决方案。
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